苏州高新区综合保税区作为以“信息化围网”手段进行监管的综合保税区，于2010年8月10日经国务院批准设立，2010年11月4日通过国家十部委联合验收，实现封关运作。苏州高新区综合保税区，由原苏州高新区出口加工区（2003年3月批准设立）和苏州高新区保税物流中心（B型）（2005年8月批准设立）整合形成。

苏州高新区综合保税区按照功能划分为：口岸作业区、保税物流区、保税加工区、配套工业园。

1、口岸作业区: 口岸作业区面积0.18平方公里，是整个高新区进出口货物通关和检验检疫的唯一场所，可用于保税货物、一般监管货物、特殊区域间货物及国际快件货物的转关通关。

2、保税物流区: 保税物流区面积0.63平方公里，区内重点发展保税仓储业务、国际分拨配送业务及国际贸易，主要用于存储电子元器件，汽车零部件、光伏设备、医疗器械，以及进口食品、酒类等货种。

3、保税加工区: 保税加工区面积2.7平方公里，区内重点发展保税加工、检测维修等业务，主要用于加工贸易生产企业的入驻。

4、配套工业园: 配套工业园面积0.59平方公里，利用紧邻综保区的区位优势，为综保区做好生产配套服务，为区内企业开展研发、检测、维修等功能拓展业务和委内加工业务提供载体支持。

苏州高新区综合保税区位于苏州国家高新技术产业开发区的北端，周边交通运输网络发达，有312国道、苏州绕城高速公路、沪宁高速公路、苏嘉杭高速公路。综合保税区近邻京杭大运河、京沪铁路以及苏南硕放国际机场。地理位置优越，交通发达，形成了海、陆、空立体交通网络。

本着高效精简、机制创新的原则，设立苏州高新区综合保税区管理办公室，具体负责苏州高新区综保区的开发建设的各项工作，下设行政管理部、计划财务部、经济发展部、开发建设部、综合管理部5个工作部门。为了更好的推进综保区的开发建设，设立苏州高新区出口加工区投资开发有限公司、苏州高新区保税物流中心有限公司，负责综保区的土地开发、基础设施建设、标准厂房仓库租赁、物流仓储经营等事宜。

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